短程蒸馏器还适合于进行分子蒸馏。分子流从加热面直接到冷凝器表面。分子蒸馏过程可发如下四步：
　　1、分子从液相主体向蒸发表面扩散
　　通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，所以应尽量减薄液层厚度及强化液层的流动。
　　2、分子在液层表面上的自由蒸发
　　蒸发速度随着温度的升高而上升，但分离因素有时却随着温度的升高而下降，所以，应以被加工物质的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。
　　3、分子从蒸发表面向冷凝面飞射
　　蒸气分子从蒸发面向冷凝面飞射的过程中，可能彼此相互碰撞，也可能和残存于两面之间的空气分子发生碰撞。由于蒸发分子远重于空气分子，且大都具有相同的运动方向，所以它们自身碰撞对飞射方向和蒸发速度影响不大。而残气分子在两面间呈杂乱无章的热运动状态，故残气分子数目的多少是影响飞射方向和蒸发速度的主要因素。
　　4、分子在冷凝面上冷凝
　　只要让冷热两面间有温度差（一般为70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑则认为冷凝步骤可以完成，所以选择合理冷凝器的形式相当重要。
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