分子蒸馏设备在进行使用时其蒸馏温度低且产品是在远低于沸点的温度下进行操作，分子蒸馏只要存在温度差就会可以达到分离的目的，分子蒸馏得真空度高，其内部装置可以获得很高的真空度，通常分子蒸馏在很低的压强下进行操作，因此物料不易氧化受损。
       分子蒸馏的蒸馏液膜薄，整个产品的传热效率高，其物料的受热时间短，受加热的液面和加冷凝面之间的距离小于轻分子的平均自由程，所以由液面逸出的轻分子几乎未经碰撞就达到冷凝面。因此，蒸馏物料受热时间短，在蒸馏温度下停留时间一般几秒至几十秒之间，减少了物料热分解的机会。产品能够有效的分离常规不易分开的物质，没有沸腾鼓泡现象，分子蒸馏是液层表面上的自由蒸发，在低压力下进行，液体中无溶解的空气，因此在蒸馏过程中不能使整个液体沸腾，没有鼓泡现象。
       分子蒸馏可得到纯净安全的产物，且操作工艺简单，设备少。分子蒸馏技术能分离常规蒸馏不易分离的物质，分子蒸馏装置必须保证体系压力达到的高真空度，对材料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，设备加工难度大，造价高。